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发布时间: 2017 - 07 - 18
Drop Maker 样本制备仪采用光、机、电一体化设计,配套具有自主知识产权的微流控芯片,可以将水相样本快速制备成纳升体积的液滴。液滴数与样本体积相关,30微升样本可制备约5万个液滴。液滴尺寸均一,并可在PCR扩增后保持稳定。产品说明起始样本量(μL)20-50制备通量1-8个样本制备时间4min / 8样本每 30 μL 样本液滴数约50000个仪器尺寸(宽 ´ 深 ´ 高)38 x 34 x 35 cm
发布时间: 2017 - 07 - 18
Chip Reader 生物芯片分析仪采用光、机、电一体化设计,及激光共聚焦原理,配套有自主知识产权的微流控芯片,可以准确快速地定位、识别纳升体积微液滴,获取其荧光信号值。经过泊松统计分析,提供研究者所需的阳性、阴性液滴数绝对数值,从而推算出起始靶标核酸分子的精确浓度。Chip Reader  生物芯片分析仪兼容Taqman水解探针和EVAGreen检测。产品说明阅读通道FAM(EvaGreen)、VIC(HEX)阅读通量1-8个样本阅读时间20min / 8样本仪器尺寸(宽 ´ 深 ´ 高)45 x 47 x 49 cm
发布时间: 2020 - 03 - 13
该试剂盒采用创新的RNA一步法逆转录数字PCR技术,可对样本中的2019-nCoV进行高灵敏与准确定量检测。参考国家CDC和WHO的指南,针对2019-nCoV的多个区域进行检测,增加检测的特异性并减少漏检错检。试剂盒内设有内参基因,可对采样、提取和PCR扩增等步骤进行质控,确保检测过程的精准可靠。该试剂盒目前已经在多家新型冠状病毒治疗重点医院或国家重点实验室开展临床评价,目前的评估数据显示有非常优异的性能。
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数字PCR在二代测序质控中的应用

日期: 2020-04-01
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数字PCR在二代测序质控中的应用


基因检测的主要方法包括聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)、一代测序(Sanger测序)、荧光原位杂交(FISH)、高通量测序(next generation sequencing, NGS)等。NGS可以一次性检测多个基因、全外显子甚至全基因组区域的所有位点,通量高,在多基因检测中具有优势。但NGS的开展需要专业的知识和技术团队,这是实现NGS检测临床应用价值的前提。除了少数肿瘤小panel NGS检测产品获得医疗器械证书,目前我国和其他国家各实验室所使用的NGS检测多为实验室自建试验(laboratory-developed test, LDT)。这表明NGS检测在临床应用中具有较大的灵活性,但同时表明NGS检测临床应用具有较大的风险性,这给NGS检测实验室的管理、人员培训和质量控制(包括检测实验和生物学信息分析)等都带来很大的压力。因此,通过其他技术平台和方法对NGS检测过程及检测结果进行有效质控非常重要。数字PCR技术是NGS平台质控的一个有力工具,在NGS测序文库精确定量和结果验证等方面具有广泛应用。《二代测序技术在血液肿瘤中的应用中国专家共识》(2018年版)中就明确规定,对于可疑结果,需要进行人工校对,并采用Sanger测序、ARMS-PCR、数字PCR等方法进行验证。


NGS在测序过程中,由于试剂差异、人员操作、仪器维护等因素,实际的捕获效率和覆盖度会与期望值存在偏差,可能会捕获到非目标区域序列,也可能漏捕目标区域序列。非目标区域序列对于靶向测序没有意义,而脱靶序列会导致测序信息缺失。因此,对于任何检测项目,每一次测序必须给出靶向区域的覆盖度统计,这是衡量测序质量的重要指标之一。当覆盖度过低时,则需补测数据或对样本重测,同时对可疑数据用数字PCR等方法进行验证。


新羿TD-1数字PCR平台在NGS测序结果验证和质控中均有广泛的应用,其操作步骤简单,结果准确可靠。

数字PCR在二代测序质控中的作用

新羿TD-1数字PCR平台基因检测流程


案例一:某公司在用NGS进行肿瘤突变基因检测时,使用两个panel进行检测,测序结果PIK3CA基因突变一个panel检测的突变率为16%,另一个panel检测的突变率为30%,二者差异较大,通过数字PCR验证后,突变率为16%,进一步确认了其中一个panel的准确性。该现象可能是由测序错误、比对错误等原因导致的, 从而造成得到的突变频率可能会存在较大偏移。而非真实的突变频率会对肿瘤异质性、克隆演化等研究数据产生重要影响。


案例二:第三方检验所在进行室间质评项目评估时,用NGS检测室间质评样本时,对于低于1%的样本不确定是否是真正的阳性样本,需要通过数字PCR进行验证,数字PCR检测结果为0.4%,则确认该样本为阳性样本。因此,目前NGS商业报告通常按2%报告结果,一般1%也可以确定,但最好对5%或2%以下的样本通过数字PCR进行验证,可以进一步保证结果准确性。


案例三:某测序公司在建立新项目时,使用NGS参考品对panel进行验证,其中EGFR基因20外显子插入突变未报阳性结果,与参考品理论值不符合,用数字PCR对参考品进行检测后,发现20外显子插入突变为阳性,突变率为50%,验证参考品没问题,进一步对数据分析流程进行人工校正,最终发现是算法出现问题,后修正算法,解决了20外显子插入突变的检测问题。



综上所述,在实际临床应用中, 我们必须掌握NGS技术中生物学数据质量控制的重要质控环节和影响因素,进行测序结果验证, 只有通过验证过程才能找到最适合检测项目的最优分析方案,包括软件的选择和参数的设置,从而使NGS成为临床检测和科学研究的一个成熟检测平台。

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